La gouvernance et le pilotage du laboratoire sont assurés par 3 organes :
1. Le Bureau de direction
Il est sollicité à la demande du Directeur pour traiter des points particuliers . Il seconde le Directeur dans le pilotage du laboratoire et participe à l'élaboration de la stratégie scientifique du laboratoire.
Il est composé de 7 membres :
le Directeur
les 2 Directeurs Adjoints
le Responsable Administratif et financier
les 3 Chefs d'équipe
2. Le Conseil de laboratoire
Il se réunit en moyenne 4 fois/an pour se prononcer sur les actes de direction. Il est composé de 20 membres.
3. Le Conseil Scientifique
Il se réunit sur convocation du directeur de laboratoire pour débattre des orientations scientifiques du laboratoire telles que la structuration de ses équipes, les profils des postes de recherche à pourvoir ou l’évaluation interne des recherches du laboratoire. Il est composé de 21 membres.